Qua hơn 20 năm xây dựng, cống hiến và trưởng thành, ngày 08 tháng 8 năm 1995, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 867/QĐ-QP hợp nhất Trường Sĩ quan Chính trị - Quân sự với Học viện Chính trị - Quân sự. Theo đó, Bộ môn Tư tưởng Hồ Chí Minh được điều chuyển, sáp nhập vào Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh thuộc Học viện Chính trị - Quân sự. Bộ môn được giao nhiệm vụ tham gia nghiên cứu và giảng dạy tư tưởng Hồ Chí Minh cho tất cả các đối tượng đào tạo của Học viện; ngoài ra, còn tham gia giảng dạy chuyên đề tư tưởng Hồ Chí Minh cho các trường đại học, cơ quan, đơn vị có liên quan theo Chỉ thị số 23-CT/TW, ngày 27 tháng 3 năm 2003 của Ban Bí thư (khóa IX) về “Đẩy mạnh nghiên cứu, tuyên truyền, giáo dục tư tưởng Hồ Chí Minh trong giai đoạn mới”. Ngày 01 tháng 7 năm 2006, Thường vụ Đảng ủy Học viện Chính trị - Quân sự ra Nghị quyết số 04-NQ/TV về việc lãnh đạo chấn chỉnh tổ chức, biên chế theo Quyết định số 317/QĐ-TM của Tổng Tham mưu trưởng Quân đội nhân dân Việt Nam. Nghị quyết xác định: Khối khoa giáo viên, thành lập lâm thời 04 khoa mới tại cơ sở II (Bắc Ninh). Theo đó, Khoa Lý luận Mác - Lênin, Tư tưởng Hồ Chí Minh được thành lập ở cơ sở II gồm 04 bộ môn: Triết học Mác - Lênin, Kinh tế chính trị học Mác - Lênin, Chủ nghĩa xã hội khoa học, Tư tưởng Hồ Chí Minh. Bộ môn Tư tưởng Hồ Chí Minh được giao nhiệm vụ giảng dạy cho các đối tượng đào tạo cán bộ chính trị các bậc học của Nhà trường; ngoài ra, còn tham gia giảng dạy và tuyên truyền tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh cho các đơn vị quân đội, cơ quan, ban ngành địa phương trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh.
     Ngày 22 tháng 5 năm 2008, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký Quyết định số 69/2008/QĐ-BQP “Về việc thành lập Trường Sĩ quan Chính trị trực thuộc Bộ Quốc phòng”. Sau đó, ngày 12 tháng 11 năm 2008, Hiệu trưởng Trường Sĩ quan Chính trị ký Quyết định số 03/QĐ-SQCT “Về việc thành lập Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh trực thuộc Ban Giám hiệu”. Từ đó đến nay, Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh đã xây dựng được đội ngũ cán bộ, giảng viên phát triển cả về số lượng và chất lượng. 100% có trình độ đại học trở lên, trong đó có 70,6% trình độ sau đại học (5,9% Tiến sĩ). Tham gia giảng dạy cho hàng trăm lớp đào tạo cán bộ chính trị cấp phân đội và đào tạo giáo viên khoa học xã hội nhân văn bậc đại học; chuyển loại chính trị; hoàn thiện đại học; văn bằng 2 sĩ quan và hạ sĩ quan binh sĩ; đại học và cao đẳng Công an; văn bằng 2 giáo viên giáo dục quốc phòng an ninh và giáo viên giáo dục quốc phòng an ninh hệ dân sự; cán bộ chính trị cho Quân đội nhân dân Lào và Quân đội Hoàng gia Campuchia. Ngoài ra, Khoa còn tham gia giảng dạy, phối hợp giáo dục lịch sử, truyền thống, hợp tác đào tạo, bồi dưỡng cho một số trường đại học, cao đẳng và đơn vị, doanh nghiệp quân đội; nói chuyện, tuyên truyền về tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh cho chính quyền, nhân dân địa phương địa bàn tỉnh Bắc Ninh. Cùng với hoạt động giảng dạy, Khoa rất quan tâm đến hoạt động nghiên cứu khoa học. Tham gia nghiên cứu và nghiệm thu nhiều đề tài khoa học cấp cơ sở; biên soạn các tập bài giảng, tài liệu dạy học, sách tham khảo phục vụ cho nhiệm vụ chính trị; nghiệm thu hàng trăm đề tài khoa học cá nhân, viết và đăng nhiều bài báo khoa học trên các tạp chí trong và ngoài quân đội; hướng dẫn luận văn, đề tài khoa học học viên; viết các chuyên đề cho Nhà trường, cho Tổng cục Chính trị về tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh được cấp trên ghi nhận và đánh giá cao.
     Với những thành tích tiêu biểu, Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh được Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Thủ trưởng Nhà trường tặng Bằng khen và Giấy khen vì đã có thành tích xuất sắc trong thực hiện Cuộc vận động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”. Từ năm 2009 đến năm 2016, Khoa liên tục được Thủ trưởng Nhà trường tặng danh hiệu “Đơn vị quyết thắng”, “Đơn vị tiên tiến” và Bằng khen, Giấy khen; đơn vị đạt “vững mạnh toàn diện”; Chi bộ Khoa đạt trong sạch vững mạnh.
     Trong những năm tới, bên cạnh những thuận lợi là cơ bản, Khoa còn những khó khăn nhất định; quán triệt sâu sắc các nghị quyết, chỉ thị, hướng dẫn của cấp trên; nắm chắc chức năng, nhiệm vụ, phát huy thành tích hơn 20 năm xây dựng, cống hiến và trưởng thành, Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh không ngừng nỗ lực phấn đấu xây dựng Khoa vững mạnh toàn diện, tạo sự chuyển biến mạnh mẽ, vững chắc về chất lượng giáo dục - đào tạo, nghiên cứu khoa học; xây dựng Chi bộ trong sạch vững mạnh, có đủ năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu cao. Trọng tâm là giữ vững định hướng chính trị trong giáo dục - đào tạo; tiếp tục đẩy mạnh việc đổi mới, rà soát, cập nhật, chuẩn hóa nội dung, chương trình, phương pháp dạy học; gắn kết chặt chẽ nhiệm vụ nghiên cứu khoa học với nâng cao chất lượng giáo dục - đào tạo; tham gia tích cực, hiệu quả vào cuộc đấu tranh trên lĩnh vực tư tưởng, lý luận. Tập trung xây dựng Khoa vững mạnh toàn diện, không chỉ mẫu mực về nền nếp chính quy, rèn luyện kỷ luật, chấp hành điều lệnh mà còn mẫu mực về chính trị, tư tưởng; hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao, xứng đáng là Khoa Tư tưởng Hồ Chí Minh mang tên Bác Hồ kính yêu./.